MTsN 16 Jombang awalnya merupakan madrasah filial dari MTsN Tambak Beras Jombang yang bernama Madrasah Tsanawiyah Praja Putra berdiri pada tahun 1991 dibawah naungan pondok pesantren Praja Putra yang diasuh oleh beliau KH. Moh. Sulhan sampai tahun 1998 berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Tembelang.
Pada tahun 1999 MTsN Tembelang hijrah dari bawah naungan pondok menjadi mandiri dengan membeli tanah dari bantuan pemerintah yang berada di Jalan Raya Tembelang No 459 Desa Sentul Kecamatan Tembelang Kabupaten Jombang dengan maksud untuk pengembangan madrasah lebih maju serta agar mudah dijangkau oleh seluruh peserta didik dari semua penjuru dan juga mudah dijangkau dengan menggunakan transportasi umum.
Seiring berjalannya waktu MTsN Tembelang yang sekarang berubah nama menjadi MTs Negeri 16 Jombang sesuai dengan KMA Nomor 673 Tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur, walaupun termasuk madrasah negeri yang belum lama berdiri namun telah mampu menoreh perstasi dalam berbagai bidang sampai tingkat nasional.
Perkembangan Status: Seiring waktu, madrasah ini mengalami peningkatan status menjadi sekolah negeri, yang dikenal sebagai MTs Negeri. Dengan status negeri, MTsN 16 Jombang mendapatkan dukungan lebih dalam hal anggaran, tenaga pengajar, dan fasilitas dari pemerintah, yang memungkinkan peningkatan mutu pendidikan yang disediakan.